Der Jökulsárlón liegt an der Süd-Ost-Küste Islands auf dem Breiðamerkursandur – Islands Ringstraße – zwischen dem Skaftafell-Nationalpark und Höfn innerhalb des Gemeindegebietes Hornafjörður. Er liegt etwa 372 Kilometer von Islands Hauptstadt Reykjavík, der mit gutem Abstand größten Stadt des Landes, entfernt.

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Da die Eismassen des Gletschers, wie auch auf der Karte zu sehen, die naturnahe Umgebung bestimmen, beschränkt sich die Flora auf wenige Moose und Gräser, die sich zur Sommerzeit am Seeufer finden lassen. Die Fauna ist hingegen etwas vielfältiger; so Leben im Jökulsárlón einige Fischarten – vorwiegend Herringe und Kapelane –, die auf der Suche nach einem geeigneten Unterschlupf, um sich von den großen Schwärmen an Seevögeln, die in den Sommermonaten in der Nähe nisten, zu verstecken, vom Nordantlantik aus in den See gelangen, sowie Krill. Zudem lassen sich, hauptsächlich in den Wintermonaten, Robben finden, die im Wasser treiben oder auf den Eisschollen liegen.