Der Bahnhof ist nach einem General (Pascha) unter Sultan Selim III benannt. Mit dem Bau des Bahnhofs wurde am 30. Mai 1906 während der Regierungszeit von Sultan Abdul Hamit II (1842 – 1918) begonnen. Die Eröffnung erfolgte am 19. August 1908 nach einer zweijährigen Bauzeit.

Die Deutsche Anatolien – Bagdad Gesellschaft, welche für die Bauausführung zuständig war, errichtete den Bahnhof Haydarpascha als Ausgangspunkts der Bagdad – Bahn nach den Plänen der deutschen Architekten Otto Ritter und Helmut Cuno. Hiermit sollte das verbündete Osmanische Reich im Zweiten Kaiserreich besser erschlossen werden. Am Bau beteiligt waren türkische Handwerker Seite an Seite mit deutschen Handwerkern und italienischen Steinmetzen.

Der im Baustil des deutschen Neoklassizismus errichtete Bahnhof hatte ursprünglich eine Fläche von 2.525 m². Diese wurde jedoch erweitert und umfasst heute eine Fläche von 3.835 m². Getragen wird er von 1.100 wasserfesten, jeweils 21 m langen Holzpfählen, welche mit Dampfmaschinen in den Boden eingerammt wurden. Das Trägersystem des Gebäudes besteht aus einer Stahlkonstruktion. Zudem wurden für den Bau 2500 m³ Keupersandstein, 13.000 m³ Beton, 1.140 t Eisen, 520 m³ Holz, 19.000 m Harthölzer und 6.200 m³ Dachschiefer verwendet.