Still treiben die Schollen aus urzeitlichem Eis, deren kühles Blau sporadisch von schwarzen Schlieren – Ablagerungen vulkanischer Asche – durchzogen wird,  durch das glasklare Wasser. Zögerlich bricht eine Robbenflosse aus der zerklüfteten Spiegelfläche und schlägt sanfte Wellen zum Ufer aus schwarzem Gestein. Mit etwa 18 km² ist es der größte Gletschersee Islands und doch ist es nicht die schiere Imposanz, sondern vielmehr die dort herrschende Stille, die den Ort zu einem verwunschenen Ort macht.

Der Jökulsárlón ist allerdings nicht nur der größte Gletschersee Islands, sondern mit 248 Metern auch der tiefste See sowie überhaupt tiefste Punkt des Landes. Die in ihm schwimmenden Eisberge haben eine Länge von bis zu 15 Metern. Der kurze Fluss aus diesem See, genannt Jökulsá á Breiðamerkursandi, hat eine Verbindung zu dem nahegelegenen Meer, dem Antlantik, und verhindert durch den Transport von salzhaltigem Wasser sein Gefrieren. Der See gilt als eines der Naturwunder Islands.