Das Naturschutzgebiet Calakmul ist das Größte zusammenhängende Regenwaldgebiet Mexikos. Hier Leben mehr als 1600 verschiedene Pflanzenarten darunter etwa 70 verschiedene Orchideenarten und 86 Verschiedene Säugetiere 70 Reptilien und über 350 Vogelarten. Der Wald besteht unter anderem aus Würgefeigen deren Würzel wie Ranken aus ihren Ästen wachsen, dem Weißgummibaum, Ceiba- und Mahagony Bäume.
Unter den Säugetieren leben unter anderem fünf der sechs großen Katzen Mexikos: Jaguar, Jaguarundis, Puma, Ozelot und Langschwanzkatze, die man allerdings selten zu Gesicht bekommt. Außerdem verschiedene Affen wie Klammeraffen und Brüllaffen, die überall in den Baumkronen zu sehen und vor allem zu hören sind, sowie Ameisenbären, Gürteltiere, Wildschweine, Fledermäuse und verschiedene Hirscharten. Die Vögel werden unter anderem durch Königsgeier, Tukan, Fasan und verschiedene Adler repräsentiert. Ebenso erwähnenswert ist die riesige vielfalt an Schmetterlingen, besonders die spezies der Morpho menelaus, deren irisierende blaue Flügel mit einen Größe von etwa 12cm durch den Dschungel fliegen.