Die Stadt Mostar wurde im 15. Jahrhundert von den osmanischen Herrschern gegründet und entwickelte sich unter deren Regie zu einem wirtschaftlichen und kulturellen Zentrum im Süden von Bosnien-Herzegowina. Überregionale Bedeutung gewann Mostar nie, die Stadt blieb immer auf ein regionales Umfeld beschränkt. Die Einflüsse der Osmanen sind auch heute noch sichtbar, und an vielen Orten hat man den Eindruck, dass man sich in einer türkischen Stadt befindet. Wie alle anderen Teile des Landes wurde Mostar zum Spielball der europäischen Grossmächte. Als der Bosnienkrieg ausbrach, veränderte sich auch die Lage in dieser Stadt. Relativ schnell brachen in der Region Kämpfe aus, die von den Serben ausgelöst wurden. Die Kroaten und Bosniaken in Mostar konnten die Eindringlinge aus der Stadt vertreiben, doch kam es schon bald darauf zu weiteren Spannungen. Mostar bildete seit dem Bürgerkrieg zwei Städte: eine kroatische auf dem westlichen Ufer des Flusses Neretva und eine bosniakische auf dem östlichen Ufer.
Im Januar 2004 wurde der Zustand aufgehoben und eine neue Regierung eingeführt. Die Stadt ist momentan in sechs Stadtgemeinden eingeteilt aber bildet zusammen eine Einheit. Der Bürgerkrieg hat zwar viele Spuren hinterlassen, doch durch den Ansturm von Touristen wurde vieles wieder aufgebaut. So auch die alte aus osmanischer Zeit (16. Jh.) stammende Brücke (Stari Most) über den Fluss Neretva, die vollkommen zerstört war.
