Der weiße Neubau besteht aus vier Gebäudeteilen, die kleinteilig angelegt wurden und symbolisiert vom Meer umspülte Steine. Verteilt auf die vier Gebäudeteile sind fünf Ausstellungen mit 50 Aquarien zu entdecken.

Der barrierefreie Bau musste sich in das Gesamtbild des Stralsunder Hafens einfügen, um nicht den Status der Stralsunder Altstadt als UNESCO-Welterbe mit dem Titel „Historische Altstädte Stralsund und Wismar“, zu gefährden. Architektonisch bringt das Gebäude Moderne in die 'Backsteinskyline' des Hafens.